Intussen had Zierikzee de gelegenheid zich te versterken. Onder leiding van de gouverneur Arend van Dorp werd de stad in staat van verdediging gebracht. Om de vijand het benaderen te beletten had men dadelijk het water binnengelaten door de sluizen te openen. Op 3 oktober 1775 trok ds. Gerardus van Culemburgh – in de stukken van de Spaanse inquisitie Schele Gerrit genoemd – er met zijn kerkeraad en een groep matrozen en soldaten op uit om de zeedijk bij Borrendamme, ten zuiden van Zierikzee, te doorgraven. Ondanks pogingen van Cristóbal de Mondragón om het gat te dichten, schuurde dit steeds verder uit. Daardoor kwam vrijwel geheel Schouwen onder water te staan. De stad was versterkt door de kwetsbare haventoegang aan weerszijden de voorzien van wallen, palissaden en grachten. Daar waren vanwege het gevaar ook de meeste manschappen gelegerd. Op 10 oktober ontstond in de hier gelegen zoutketen een grote brand, waarschijnlijk als gevolg van  de onvoorzichtigheid van de jolige en dronken soldaten. Ongeveer 50 zoutketen, 200 huizen en voorraden zout en turf verbrandden. De meerderheid van het stadsbestuur wilde de stad overgeven. Maar Arend van Dorp trof in de Lievensmonsterkerk een geheel andere stemming aan. De daar opgeroepen Zierikzeese mannen riepen na het voorlezen van een brief van de Prins vol geestdrift: 'Wij zullen de stad houden!'. Op 21 oktober bereikte, ondanks vijandelijk vuur, een vloot uit Middelburg de stad. Zij namen 7 leden van het stadsbestuur, die sympathiseerden met de Spanjaarden, mee terug. Om het geïnundeerde gebied de vijand te bestrijden werd door Arend van Dorp een vloot van grote en kleine geplatboomde schepen uitgerust. Met deze vaartuigen werden strooptochten ondernomen. De gevonden voorraden graan en hooi en vee werden meegenomen naar Zierikzee. Op die wijze werd onder meer Serooskerke geplunderd en vervolgens platgebrand. Om te voorkomen dat Kerkwerve hetzelfde zou overkomen, werd dit dorp door de Spaanse troepen in brand gestoken. Tot een treffen kwam het bij Noordwelle. De in het nauw gedreven Spanjaarden vluchtten de toren in. De manschappen van de Prins staken daarop de toren in brand. 22 Spanjaarden sprongen naar beneden. Voor zover ze nog niet dood waren, werden ze afgemaakt. Slechts een kind, dat door de moeder naar beneden was gegooid, bleef ongedeerd. Het werd in Zierikzee liefderijk in een pleeggezin opgenomen. Ondertussen werd de ring rond Zierikzee steeds hechter gesloten. In de stad was aanvankelijk in ruime mate voedsel voorhanden. Nog op 9 januari 1576  slaagde een vloot van 17 schepen erin Zierikzee te bereiken met voedsel en munitie. Het gebrek aan geld, dat vooral voor het uitbetalen van de soldij nodig was, werd opgelost door het slaan van noodmunten. Door het verbranden van de turfvoorraden was er te weinig brandstof. Maar de winter was zacht. Doordat het niet voor kreeg Mondragón geen gelegenheid de stad over het ijs aan te vallen. In mei raakten de voorraden uitgeput. De Prins had ondertussen op allerlei manieren geprobeerd de stad te ontzetten. Door middel van zijn brieven probeerde hij de Zierikzeeënaren te bemoedigen. Op 14 mei schreef Prins Willem hoe aangenaam het was om “te sien die cloeckheijt ende vrijmoedicheijt die ghij zijt bethoonende nijet jegenstaende de noot daer die stadt Zierixzee inne is. Wij en willen nijet twijffelen Godt Almachtich sal ulieden Zijne genade gheven gelijck Hij die van Leijden eertijts gedaen heeft”. De man die met zijn vloot Leiden had ontzet, Louis de Boisot, had de leiding over een grote Geuzenvloot met 3000 soldaten. Zij voeren uit om Zierikzee te ontzetten. Deze poging, ondernomen in de nacht van 27 op 28 mei, faalde echter jammerlijk, vooral vanwege verraad. Boisots schip raakte bij de zeedijk van Borrendamme aan de grond en werd vernield. De admiraal en zijn bemanning kwamen om. De moed was de Geuzen ontnomen na hun admiraal was gedood. Daardoor liep een nieuwe poging op 13 juni op niets uit. Verraad was er opnieuw de oorzaak van dat een poging van soldaten en burgers onder leiding van ds. Gerardus van Culenburgh mislukte. Contact met de Geuzenvloot op de Oosterschelde en de Grevelingen was alleen nog mogelijk met postduiven of door het geven van seinen vanaf de toren. Het voedsel tekort werd steeds nijpender. In juni begon men paarden, honden en katten te eten. Ook Mondragón had met problemen te kampen. Vooral vanwege geldgebrek slaagde hij er nog maar nauwelijks in om zijn soldaten in bedwang te houden. Toch kon hij zijn manschappen nog motiveren door het succesvol weren van alle pogingen van de Prins en de zijnen om de stad te ontzetten. Voor gouverneur Van Dorp zat er weinig anders op  dan te gaan onderhandelen met Mondragón. Op 20 juni begonnen de besprekingen. De Spaanse eisen waren hoog. De burgerij zou 400.000 gulden moeten betalen. Die voorwaarde kon onmogelijk worden ingewilligd. De burgerij was als gevolg van de oorlog en het beleg verarmd. De Spaanse bevelhebber veminderde daarop de eis tot 200.000 gulden. Op 29 juni werd overeenstemming bereikt. Zierikzee capituleede onder meer op voorwaarde dat 100.000 gulden betaald zou worden, waarvan de helft direct en de andere helft na een maand of  6 weken. Over de nog resterende som zou later worden beslist.
 
Op 2 juli marcheerde Mondragón met 5 vendels Walen vanaf de Noordzijde de stad binnen. De Spaanse en Duitse soldaten bleven voorlopig buiten de muren. Vanuit de haven vertrokken Arend van Dorp en de zijnen. De trage betaling van de capitulatiesom veroorzaakte grote ontevredenheid onder de soldaten. Een deel van hen ging muiten, een ander deel sloot Mondragón op in zijn verblijf, het huis 'de Mossel' aan de haven. Ondertussen hielden de soldaten huis in Dreischor en op Duiveland en later staken ze Haamstede, Dreischor en Nieuwerkerk in brand. De toestand was onhoudbaar. Tenslotte verlieten de laatste soldaten op 3 november het verarmde en gedeeltelijk verwoeste Zierikzee. Mondragón wist met enkelen, die hem trouw waren gebleven, een gedeelte van het geschut en munitie naar Gent over te brengen. De muitende soldaten van de Spaanse koning waren naar de Zuidelijke Nederlanden getrokken. Vooral Brabant moest het ontgelden. Plunderend trokken ze rond. De 'Spaanse furie' trof ook Antwerpen waar 1000 huizen werden vernield en 800 mensen de dood vonden. De Nederlandse gewesten vonden elkaar in hun gemeenschappelijke afkeer van deze gewelddaden. Op 8 november 1576 werd de Pacificatie van Gent afgekondigd. Zierikzee behoorde niet tot de ondertekenaars. Toen Mondragón op 3 november de stad verliet, kwam Philibert van Serooskerke uit Gent naar Zierikzee om namens de Staten-Generaal de stad in bezit te nemen. Aan de andere kant lagen echter de troepen van de Prins. Van Serooskerke durfde niet aan wal te gaan en keede terug. Graaf Philips van Hohenlohe, die aanvankelijk de toegang tot de stad geweigerd was, trok enkele dagen late met zijn troepen Zierikzee binnen als vertegenwoordiger van Prins Willem van Oranje. Ds. Van Culenburgh keerde al op 17 november terug. De toestand waarin Zierikzee zich bevond was deerniswekkend. Vooral het noordelijk deel van de stad was zwaar getroffen. De soldaten hadden vele huizen en schuren afgebroken en het hout verbrand om zich te warmen. Vrijwel geheel Schouwen stond onder water. Op Duiveland waren bijna alle inwoners gevlucht. De eerste zorg gold het herstel van de dijken. Het zeewater vormde zelfs een bedreiging voor de stadsmuren. Stenen van de kloostermuren werden gebruikt om de stadswallen te versterken. Eerst op 10 juni 1578, bijna 2 weken later, slaagde men erin het gat ten noordoosten van Zierikzee te dichten. Twee dagen daarna ontstond er opnieuw een doorbraak, die twee weken later weer werd gedicht. Het Kaaskenswater en de Ronde Weel zijn heden ten dage herinneringen aan één van de moeilijkste periodes uit de geschiedenis van Zierikzee en Schouwen en Duiveland. Dit en het andere herstel van de schade kostte fortuinen. De rest van Zeeland schoot financieel te hulp om Zierikzee weer op de been te helpen. Eerst in 1595 vond de laatste financiële afwikkeling met de Staten van Zeeland plaats ten aanzien van het indertijd geslagen noodgeld.