Het is verbazingwekkend om te zien met hoeveel moed en inventiviteit de Zierikzeeënaren probeerden hun stad nieuwe mogelijkheden te verschaffen. De haventoegang via de Gouwe was dermate verzand, dat de stad steeds moeilijker bereikbaar was. Daarom werd besloten tot een ambitieus project. Het plan voorzag in het graven van een 3 kilometer lang havenkanaal vanaf de zuidelijke stadsgracht in zuidwestelijke richting naar de Oosterschelde. Aan weerszijden van het kanaal werden dijken gelegd en bij de monding een havenhoofd. Dit werk werd uitgevoerd in 1597-1599. De zuidelijke stadsmuur werd afgebroken en veranderd in een kade. De hier ontstane aanlegplaats werd de Nieuwe Haven genoemd. Omdat Zierikzee nog steeds rekening moest houden met een aanval door de Spanjaarden werden reeds tijdens het Twaalfjarig bestand plannen ontworpen om de stadsverdediging te verbeteren. Dat was dringend nodig. Aan de zuidzijde lag de stad open en de grachten waren dichtgeslibd tijdens het spaanse beleg.
Aan de westzijde van het havenkanaal werd in 1621 het Blauwe Bolwerk gebouwd. Aan de overzijde kwam in 1652 het Oranje Bolwerk gereed. Daarop aansluitend liepen wallen en grachten in de richting van de Zuidhavenpoort ter bescherming van de Nieuwe Haven. Ter vervanging van de Bagijnepoort werd in 1624 de Schutterspoort gebouwd, die later Hoofdpoort werd genoemd. Door de groeiende bevolking steeg de behoefte aan huizen. Op het terrein van het gesloopte Predikherenklooster werd de Lange Sint Janstraat aangelegd. Evenwijdig daaraan werden huizen gebouwd langs de Nieuwe Bogerdstraat. Meer westelijk werd in 1617 het terrein van het kasteel Ravenstein als bouwlokatie aangewezen. De huizen kwamen te staan aan twee nieuwe straten: de Ravestraat en de Schuttershofstraat, de laatste genoemd naar het onderkomen van de schutters aldaar. De nieuwe huizen waren vooral bestemd voor matrozen en knechts en hun gezinnen. Het stratenpatroon is sinds de 17de eeuw nauwelijks meer veranderd, zodat de plattegronden uit die tijd nog steeds bruikbaar zijn. Een logisch vervolg op de totstandkoming van het havenkanaal was de afdamming van de sterk verzande Gouwe. De schorren en slikken tussen Schouwen en Duiveland vielen 3 a 4 uur per dag geheel droog. In 1610 kwam de dam gereed. Vooral voor de inwoners van Duiveland was de dam een uitkomst. Veel gemakkelijker konden zij hun produkten naar Zierikzee vervoeren.

In de 17e eeuw nam de visserij nog altijd een belangrijke plaats in De Zierikzeese vissers vingen met name haring en kabeljauw. Vooral de kabeljauwvangst werd belangrijk. Daarvoor werden prikken of negenogen als aas gebruikt, die uit Engeland werden ingevoerd. Handelaren uit Zierikzee speelden ook voor andere vissersplaatsen een belangrijke rol bij de aanvoer van dit aas. De kleine visjes werden in de Ronde Weel in leven gehouden. Behalve kabeljauw vingen de vissers schelvis en heil- en tarbot. De visgronden lagen in de Noordzee en bij IJsland. De vissersvloot bestond in het midden van de 17de eeuw uit bijna 100 schepen. In 1653, tijdens de Eerste Engelse oorlog, werden 49 schepen door de Engelsen dichtbij de kust gekaapt. Ze werden opgelegd in het Schotse Eberdeen. Om het verlies te compenseren stelde het stadsbestuur een subsidieregeling in voor nieuw te bouwen vissersschepen. Deze werd echter, wegens het ruime gebrek dat ervan werd gemaakt, in 1654 weer ingetrokken. In 1711 hadden nog 87 vissersschepen Zierikzee als thuishaven. De gevangen vis werd vooral aan Brabant en Vlaanderen verkocht. Nauw verbonden aan de visserij bleef de zoutziederij. Dat gold ook voor de kuipers, die tonnen maakten voor het vervoeren van de vis. Langs de Scheepstimmerdijk en de Vissersdijk lagen de scheepswerven. Behalve vissersschepen werden hier ook koopvaardij- en oorlogsschepen gebouwd. De hoeker, speciaal voor de kabeljauwvisserij ontwikkeld, werd vermoedelijk door Zierikzeese scheepstimmerlui in het midden van de 17e eeuw gebouwd.

Dit scheepstype was van twee masten voorzien en had een lengte van ruim 20 meter en een breedte van ruim 5 meter. De koopvaardij nam een belangrijke plaats in. Maar de Zierikzeese schepen voeren zelden buiten de Europese wateren. Geheel anders dan in de middeleeuwen nam de Zierikzeese vloot slechts een bescheiden positie in. In Zeeland was het vooral Middelburg, dat zich ontwikkelde tot een centrum voor de vaart op Oost- en West-Indië. Eén van de weinige transatlantische contacten werd gelegd door de in Zierikzee geboren Pieter Corneliszoon Plockhoy (1620-1700), die tot de Doopsgezonden behoorde. Met geloofsverwanten vertrok hij uit Amsterdam naar Noord-Amerika en stichtte in 1663 de kolonie Swaanendael (Delaware). Hij streefde een christelijk-socialistische samenleving na met een coöperatieve grondslag. De Engelsen maakten met dit initiatief korte metten en plunderden de kolonie. Ten aanzien van de landbouw maakte vooral de meekrapproduktie een groei door. Door de groei van de bevolking nam de vraag naar de rode verfstof toe. Zierikzee kreeg steeds grotere betekenis als marktcentrum voor Schouwen-Duiveland. Dat gold niet alleen voor de meekrap, maar ook voor het verhandelen van graan. Daarnaast ging de veeteelt een belangrijkere rol spelen. Straatnamen herinneren aan deze bedrijvigheid: Appelmarkt, Botermarkt (noordelijk deel van de Varremarkt), Lammermarkt, Melkmarkt en Varremarkt (var betekent stier). De hoeveelheid kaas die in 1655 in Zierikzee werd aangevoerd beliep maar liefst 164.498 pond. Grote schade ondervond de veeteelt van het verzilten van de grond. Bovendien kwamen er tijdens de stormvloed van 1682 grote delen van het eiland onder water te staan. Dijkvallen waren een permanent gevaar. Tenslotte werden de problemen om het regenwater af te voeren steeds groter. Daardoor verminderde de veestapel.