Op kerkelijk gebied nam de Gereformeerde Kerk een dominerende positie in. In 1578 kreeg de gemeente haar tweede predikant. Vooral in de eerste helft van de 17de eeuw groeide het aantal kerkgangers fors. In 1604 kwam er een derde predikant bij, in 1614 een vierde en in 1650 een vijfde. Naast de St. Lievensmonsterkerk kreeg de gemeente in 1613 de beschikking over de Gasthuiskerk. Sindsdien werden beide kerken aangeduid als Grote en Kleine Kerk. De laatste werd ivm de groei van het aantal leden in 1651 vergroot. Binnen de Gereformeerde Kerk ontstond in het begin van de 17de eeuw het inzicht dat er een nieuwe hervorming nodig was. De kerk moest haar plichten beter vervullen. Voor de kerkgangers kwam het aan op het in de praktijk brengen van het geloof in het dagelijks leven. De overheid moest naar Gods geboden handelen. Deze 'Nadere Reformatie' stond een stringente zondagsheiliging voor, naast het vermijden van pracht en praal. Deze vernieuwingsbeweging ontstond op Schouwen-Duiveland. Haar geestelijke vader was de in Zierikzee geboren ds. Willem Teelinck (1579-1629), die na een rechtenstudie in Engeland tot bekering was gekomen. Hij werd predikant in Haamstede en Burgh en later in Middelburg. Aan zijn zijde stond zijn broer Eeuwout Teelinck, eveneens geboren in Zierikzee en ontvanger-generaal van Zeeland. Ook ds. Godefridus Cornelisz. Udemans (1581/82-1649) die van 1604 tot zijn overlijden in 1649 predikant in Zierikzee was, kreeg grote bekendheid. Hij en de gebroeders Teelick brachten door middel van hun publikaties de ideeën onder de aandacht van velen. Een andere bekende predikant was Petrus Wittewrongel, die in zijn latere standplaats Amsterdam een handboek schreef voor de gezinsreformatie. Dat de ideeën van de Nadere Reformatie weerklank vonden, blijkt uit het in 1627 genomen besluit van het stadsbestuur om op zondag tijdens de kerdiensten de poorten gesloten te houden. Alleen het klinket, het kleine deurtje in de grote stadspoort, mocht werden geopend. Naast de Nederduits Gereformeerde gemeente ontstond in 1587 een Waalse. Deze gemeente, waar in het Frans werd gepreekt, kwam aanvankelijk bijeen in de voormalige kapel van het gasthuis en vanaf 1613 in een kerkgebouw aan de Poststraat. Deze gemeente had vanaf 1694 twee predikanten. Aanleiding voor deze uitbreiding van het groeiende aantal leden als gevolg van de vestiging van de Franse Hugenoten. De uitoefening van de Rooms-Katholieke godsdienst werd aanvankelijk verboden. De goederen van de kerk waren geconfisqueerd door de gewestelijke overheid en met de opbrengsten werden onder meer de salarissen van de Gereformeerde predikanten betaald. Toch bleef een deel van de bevolking het oude geloof trouw. In 1619 vestigde pater Willem Junius (= de Jonge) zich hier. Een huiskerk werd ingericht in een pand aan de Oude Haven noordzijde. In 1768 werd een nieuw kerkgebouw op de hoek Paardenstraat-Hoge Molenstraat in gebruik genomen. De doopsgezinden waren vooral in het begin van de 17e eeuw nog taltijk, maar hun aantal verminderde snel. Zij wezen kinderdoop af en weigerden de eed af te leggen. In 1680 werd een eigen kerkgebouw aan de Wevershoek in gebruik genomen. Het stadsbestuur nam vooral in de 18e eeuw een tolerante houding aan. Daarvan profiteerden naast de Rooms-Katholieken en de Doopsgezinden ook de Lutheranen. Een Lutherse gemeente ontstond in 1712 vooral door de aanwezigheid van Scandinavische zeelui. In 1755 werd het kerkgebouw ingrijpend verbouwd. Deze kleine protestantse gemeenten vormden geen bedreiging voor de Nederduits Gereformeerde gemeente, waartoe vanaf de tweede helft van de 17e eeuw circa driekwart van de Zierikzeeënaars behoorde.